Lsmeans, Poisson karışık model (glmer ile uyum) gibi genelleştirilmiş doğrusal bir model için ne rapor eder?


10

Tasarlanmış bir deneyden göz izleme verilerini analiz ediyorum. Verilerimin basitleştirilmiş bir sürümü şuna benzer (dput () verilerini buradan alabilirsiniz ),

head(lookDATA)

  participant fixationImage fixationCount
1           9    Automobile            81
2           9          Bird            63
3           9         Chair            82
4           9           Dog            64
5           9          Face            90
6           9         Plant            75

burada katılımcı her konu için benzersiz bir tanımlayıcıdır, fixationImage hangi resim kategorisine sabitlediklerini, fixationCount ise o resim kategorisine kaç kez sabitlediklerini gösterir.

Lme4 paketinden glmer () kullanarak verilere bir poisson modeli sığdırıyorum .

model<-glmer(fixationCount ~ fixationImage + (1|participant), family = poisson, data = lookDATA)

Faktör düzeyleri arasındaki farklılıkları incelemek için lsmeans paketinden lsmeans () kullandım ,

cld(lsmeans(model,"fixationImage"))

aşağıdaki çıktıyı sağlar:

fixationImage   lsmean         SE df asymp.LCL asymp.UCL .group
Chair         3.786022 0.05764923 NA  3.673018  3.899026  1    
Bird          3.866201 0.05750641 NA  3.753476  3.978925   2   
Dog           3.868768 0.05751010 NA  3.756037  3.981500   2   
Body          3.883644 0.06040952 NA  3.765230  4.002059   23  
Plant         3.893327 0.05746744 NA  3.780679  4.005975   23  
Automobile    3.901939 0.05745528 NA  3.789315  4.014563   23  
Face          3.946848 0.05832549 NA  3.832519  4.061178    3 

Lsmeans vinyetini kullanmam (belki sınırlı) anlayışım uyarınca lsmean sütunu, model tarafından öngörülen belirli bir kategoriye ortalama görünüm sayısını temsil etmelidir.

Bununla birlikte, bu değerler rahatsız edici bir şekilde, bu sayılar için basit tanımlayıcı istatistiklerden uzak görünüyor,

summaryBy(fixationCount ~ fixationImage, data = lookDATA)

  fixationImage fixationCount.mean
1    Automobile           55.18750
2          Bird           53.25000
3          Body           57.12821
4         Chair           50.39450
5           Dog           53.82883
6          Face           56.76389
7         Plant           54.71429

belki de lmeans'in burada neyi temsil ettiğini doğru bir şekilde anlamadığımı veya belki de modeli yanlış tanımladığımı öne sürmek.

Herhangi bir yardım büyük mutluluk duyacağız.

Yanıtlar:


9

Çıktı, her resim için modelinizden gelen tahminleri temsil eder. Zehir ailesi ile, varsayılan link işlevi doğal log'dur - bu nedenle bu değerler log ölçeğindedir. Bunu yaparsanız lsmeans(..., type = "response"), tahminleri orijinal yanıt ölçeğine geri dönüştürür.


Hızlı cevap için çok teşekkürler. Sözdizimi cld (lsmeans (model, "fixationImage", type = "response")) olarak değiştirdim ancak şu hatayı aldım: $<-.data.frame(( *tmp*"sep", value = ",") hatası var : yerine 1 satır var, veriler 0. Kayıt için R sürüm 3.1.2 (2014-10-31) 'Pumpkin Helmet' ve l. Yine de sorumu cevapladın ve ben de çıktıyı manuel olarak değiştireceğim. Tekrar teşekkürler!
Marcus Morrisey

Güncelleme: R 3.2.0 sürümü (2015-04-16), "İçindekiler Dolu" sürümüne güncelleme yapıldığında hata devam etti
Marcus Morrisey

2
Hatanın neden oluştuğundan emin değilim ama bir cldşeylerin yanından geliyor gibi görünüyor . Çıkarın ve çalışıp çalışmadığını görün. Ve pairskarşılaştırmaları test etmek için cld yerine kullanın (ayrı bir çağrıda). Zaten bu daha iyi bir rota çünkü cld siyah-beyaz kararlar veriyor.
Russ Lenth

Tekrar teşekkürler. Doğru, cld () dışında iyi çalışır. Çiftlerin üstünlüğü hakkındaki değerlendirmenize katılıyorum (). Çizim için cld () çıktısını kullanmayı planlıyorum ve tamamlayıcı materyallerde çiftlerden () daha ayrıntılı bilgi içeren bir tablo eklemeyi planlıyorum. Harika paket, harika çalışmaya devam edin.
Marcus Morrisey

3
@MarcusMorrisey Hatayı oluşturan hatayı düzelttim cld. Bildirdiğiniz için teşekkürler. Güncellenmiş paketi göndermemi istiyorsanız, bana bir e-posta gönderin (bkz. Bakım Alanı). Aksi takdirde, birkaç hafta içinde CRAN'da güncellenecektir.
Russ Lenth
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.