«lme4-nlme» etiketlenmiş sorular

Bu forumda, çeşitli hiyerarşik modelleri belirlemenin doğru yolu hakkında çok fazla tartışma var lmer. Tüm bilgilerin bir yerde olmasının harika olacağını düşündüm. Başlamak için birkaç soru: Nasıl bir grubun diğerini içinde yuvalanmış farklı seviyelerini belirlemek için: öyle (1|group1:group2)ya (1+group1|group2)? Arasındaki fark nedir (~1 + ....)ve (1 | ...)ve (0 | …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

İşte nasıl iç içe geçmiş çapraz rastgele etkilerini anladım: İç içe rasgele efektler , bir alt seviye faktörü yalnızca bir üst seviye faktörünün belirli bir düzeyinde göründüğünde ortaya çıkar. Örneğin, sınıftaki öğrenciler belirli bir zamanda sabit bir noktada. Gelen lme4Yani, iki eşdeğer yöntemden biriyle iç içe veriler için rasgele etkiler …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Eğer bir glmer takarsak, modelin yakınsamaya zor anlar yaşadığını söyleyen bir uyarı alabiliriz. >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) @Ben Bolker tarafından bu konu tartışılan yakınsama kontrol etmek için başka bir yoludur : relgrad <- …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Kullanarak bir lojistik regresyon takılması lme4 ile biter Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Bu hatanın olası bir nedeni görünüşte eksiklik derecesidir. Rütbe eksikliği nedir ve nasıl ele almalıyım?

87 r  logistic  lme4-nlme 

Birkaç karışık efekt modeline (özellikle uzunlamasına modellere) uyum sağladım lme4, Rancak modellere ve onlarla birlikte gelen kodlara gerçekten hakim olmak istiyorum. Ancak, iki ayağımla dalmadan önce (ve bazı kitapları satın alırken) doğru kütüphaneyi öğrendiğimden emin olmak istiyorum. Şimdiye lme4kadar kullanmıştım çünkü daha kolay buldum nlme, ancak nlmeamaçlarım için daha uygunsa …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Karışık modele uyması için lme4 in R kullanıyorum lmer(value~status+(1|experiment))) değerin sürekli olduğu yerde, durum ve deney faktördür ve ben anlıyorum Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Ekonometride "rastgele etki modelinin" ekonometri dışında "rastgele engelli karma bir model" e karşılık geldiğini düşünmüştüm, ama şimdi emin değilim. Yapar? Ekonometri, "sabit efektler" ve "rastgele efektler" gibi terimleri karma modellerle ilgili literatürden biraz farklı kullanır ve bu kötü bir kafa karışıklığına neden olur. Bize basit bir durum düşünelim doğrusal bağlıdır …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Kısa bir süre önce, kelime farklı bağlamlarda görüntülendiğinde ERP (EEG) ölçülerek tekrarlanan maruz kalmalar (uygulama: 1. gün - 10. gün) boyunca yeni bir kelimenin anlamının nasıl elde edildiğini ölçtüm. Ayrıca bağlamın özelliklerini de kontrol ettim, örneğin yeni kelime anlamını keşfetmede (yüksekden düşüke). Özellikle uygulamanın etkisiyle (günler) ilgileniyorum. Bireysel ERP kayıtları …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Merak ediyorum, yorumlamada sadece bağımlı, bağımsız veya bağımsız değişkenlerin mi yoksa sadece bağımsız değişkenlerin log dönüşümünde mi olduğunu fark eder mi? Durumunu düşünün log(DV) = Intercept + B1*IV + Error IV'ü yüzde artış olarak değerlendirebilirim, ancak sahip olduğumda bu nasıl değişir? log(DV) = Intercept + B1*log(IV) + Error veya sahipken …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

EDIT 2: Başlangıçta bir faktör üzerinde tekrarlanan önlemlerle iki faktörlü bir ANOVA çalıştırmam gerektiğini düşündüm, ama şimdi doğrusal bir karma etki modelinin verilerim için daha iyi çalışacağını düşünüyorum. Sanırım ne olması gerektiğini neredeyse biliyorum, ama hala birkaç noktayla kafam karıştı. Analiz etmem gereken deneyler şöyle gözüküyor: Denekler birkaç tedavi grubundan …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Sayısal olarak türetmek MLE s glmM pratikte zordur ve, biliyorum, biz (Örneğin; kaba kuvvet optimizasyonu kullanmamalısınız optimbasit şekilde). Ancak kendi eğitim amacım için, modeli doğru bir şekilde anladığımdan emin olmak için denemek istiyorum (aşağıdaki koda bakın). Her zaman tutarsız sonuçlar aldığımı öğrendim glmer(). Özellikle, MLE'leri glmerbaşlangıç ​​değerleri olarak kullansam bile, …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

Bir lmer () modelinden bir tahmin çevresinde bir tahmin aralığı almak istiyorum. Bununla ilgili bazı tartışmalar buldum: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq fakat rastgele etkilerin belirsizliğini hesaba katmamış gibi görünüyorlar. İşte özel bir örnek. Altın balıkla yarışıyorum. Son 100 yarış hakkında verilerim var. RE tahminlerimin ve FE tahminlerinin belirsizliğini dikkate alarak 101'ini tahmin …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

EffectsPaket için çok hızlı ve kolay bir yol sağlar karışık etki modeli sonuçlar doğrusal çizilmesi ile elde edilen lme4bir paket . effectFonksiyon hesaplar güven aralığı (GA) çok hızlı bir şekilde, ama nasıl güvenilir bunlar güven aralıkları nelerdir? Örneğin: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Ben Yakın zamanda gerçekleşen bileşik simetrisine karma modeli ilişkisel yapısını ayarlarken bir rastgele faktörü ve sabit olanlar gibi başka faktörler olarak, sadece konunun bir karma modeli bir ANOVA denk olduğunu. Bu nedenle, bileşik simetrinin karışık (yani, bölünmüş arsa) ANOVA bağlamında ne anlama geldiğini bilmek istiyorum, en iyi ihtimalle düz İngilizce …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Aşağıdaki şekilde düzenlenen bir deneyden toplanan veriler var: Her biri 30 ağaçlı iki alan. 15 işlenir, 15 her yerde kontrol edilir. Her bir ağaçtan, gövdenin üç parçasını ve üç parçanın köklerini örnekliyoruz; bu nedenle, iki faktör seviyesinden (kök, gövde) biriyle temsil edilen ağaç başına 6 seviye 1 örnek. Daha sonra, …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme