Çapraz tablo analizi için hangi test: Boschloo veya Barnard?


11

30 hastanın küçük bir veri kümesinden 2x2'lik bir tablo analiz ediyorum. Retrospektif olarak hangi tedavinin seçileceğine dair bir ipucu veren bazı değişkenleri bulmaya çalışıyoruz. Değişkenler (normal / garip) ve tedavi kararı (A / B) özellikle ilgi çekicidir ve bu nedenle veriler şöyle görünür:

Gözl / Tr. AralıkbirBnormal121325garip055121830

Açıkçası bir hücrede ki-kare testi hariç tutulan girişlerden yoksundur ve Fisher kesin testi doygun bir p değeri vermez (ancak yine de <% 10). Bu yüzden ilk fikrim daha büyük bir güce sahip bir test bulmaktı ve bir blogda ve Barnard ve Boschloos testi hakkında bu makalede okuyordum, genel olarak güçlü bir teste neden olan üç senaryo var:

  1. Sütun ve Rowsums sabit Fisher kesin testi
  2. Sütun veya (xclusive) Rowsums sabit Barnard'ın kesin Testi
  3. Hiçbiri düzeltilmedi Bosch un tam testi

Yukarıdaki makale, A tedavisi ve B tedavisi toplamının daha önce hiç bilinmediğine dikkat çekti, bu yüzden Fisher'ın kesin testini hariç tutabiliriz. Peki ya diğer alternatifler? Sağlıklı kontrollere sahip olduğumuz yerde kontrol durumunda hangi sayıları kontrol edebileceğimiz plasebo ve verum grubunu kontrol edebiliriz, böylece biri 2: Barnard'ı seçecektir. Benim durumumdan emin değilim, çünkü bir yandan Barnard'a yol açan benzer bir matematik problemimiz var (plasebo / verum toplamına eşdeğer gözlem seviyelerinin toplamı), ancak tasarım farklı, çünkü kontrol edemiyoruz nr. 3: Boschloo'ya yol açan numuneyi almadan önce normal / garip gözlem.

Peki hangi test kullanılmalı ve neden? Tabii ki yüksek güç istiyorum.

(Bilmek istediğim başka bir soru, eğer chisq.testr durumunda kullanılması daha iyi olmazsa prop.test(x, alternative = "greater")? Teorik yönler burada açıklanmaktadır .)


Fisher'in testinin önem seviyenizin altında bir değer verip vermediğini bu soruyu sorabilir misiniz?
Michael M

Sütunlar düzeltildiğinden (makaleniz Barnard'ın önerdiği anlaşılıyor), ancak ödemeden
ulaşamadım

@Michael: Bunun genel olarak ilgili bir sorun olduğunu düşünüyorum, ancak belirli bir sorun olmadan daha derin bir araştırma düşünmemiş olabilirim.
Taz

@Mike: Sry, enstitüdeydim ve ödeme duvarı hakkında düşünmedim. Ücretsiz bir çözüm bulursam ekleyeceğim. Ancak, sorunu yeterince açık bir şekilde belirtmedim. Benim durumumda Tedavi Grupları kontrol edilmez, bunun yerine bir doktor tarafından manuel tanı konmasının bir sonucudur ve A veya B Tedavisi kararının Gözlem değişkeniyle ilişkili olup olmadığını öğrenmek istiyorum. Ve ayrıca hangi testin uygulanacağı ve optimal nasıl uygulanacağı.
Taz

Ahhh, yani çalışmaya giren bir kişi sonunda dört kategoriden herhangi birine düşebilirdi?
MikeP

Yanıtlar:


13

"Barnard" testi veya "Boschloo" testi ile ilgili bazı karışıklıklar olabilir. Barnard'ın kesin testi, her iki kenarda da koşulsuz olması açısından koşulsuz bir testtir. Bu nedenle, hem ikinci hem de üçüncü mermiler Barnard'ın testidir. Bunun yerine şunu yazmalıyız:

  1. Her iki kenar boşluğu düzeltildi (Hipergeometrik Dist'n) → Fisher kesin testi
  2. Bir marj sabitlendi (Çift Binomlu Dist'n) → Barnard'ın kesin testi
  3. Kenar boşluğu düzeltilmedi (Multinomial Dist'n) → Barnard'ın kesin testi

Barnard'ın kesin testi iki tip tabloyu kapsar, bu yüzden ikisini "binom" veya "multinom" modelini uygun şekilde söyleyerek ayırt ederiz.

Tipik olarak, Barnard'ın kesin testi, 'as ya da daha fazla' tabloları belirlemek için ya Z-havuzlu (aka Skor) istatistiği kullanır. Orijinal Barnard belgesinin (1947) daha uç tabloları ("CSM" olarak adlandırılır) belirlemek için daha karmaşık bir yaklaşım kullandığını unutmayın. Boschloo'nun kesin testi, 'as veya daha fazla' tabloları belirlemek için Fisher'ın p değerini kullanır. Boschloo'nun testi Fisher'ın kesin testinden eşit derecede daha güçlü.

Veri kümeniz için, her iki kenar boşluğunun da sabit olmadığı anlaşılıyor, bu nedenle Boschloo'nun kesin testini multinomial bir modelle kullanmanızı öneririz. Boschloo'nun testini dengesiz marj oranları için biraz daha iyi buldum (tipik olarak Barnard'ın Z-toplanmış istatistiği ile kesin testine çok benzemekle birlikte). Bununla birlikte, hem Boschloo'nun testi hem de multinom modelleri çok daha fazla hesaplama açısından yoğun olduğu için, binom modelini de kullanabilirsiniz (bunun neden hala uygun olmasının nedeni biraz karmaşıktır; kısaca özetlemek gerekirse, marjlar yaklaşık olarak yardımcı bir istatistiktir, bu nedenle marj koşuluna uygun). Kesin testler ve uygulama hakkında bilgi için lütfen Exact R paketini kullanın ( https://cran.r-project.org/web/packages/Exact/Exact.pdf). Ben paketin yazarı ve blogdaki kodun daha güncel bir sürümüdür.


1
Açık ifadeniz için teşekkürler! Bu açıklama birkaç satırda olması çok güzel. Sonunda çok iyi, ama aynı zamanda çok uzun olan kağıdı okuduktan sonra yazdığınız gibi yaptım ;-)
Taz
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.