Tekrarlanan ölçümler için dengesiz karışık etki ANOVA


17

Ameliyat sırasında 2 farklı tedaviyle tedavi edilen hastalardan verilerim var. Kalp atış hızı üzerindeki etkisini analiz etmem gerekiyor. Kalp atış hızı ölçümü her 15 dakikada bir yapılır.

Ameliyat uzunluğunun her hasta için farklı olabileceği göz önüne alındığında, her hasta 7 ila 10 arasında kalp atış hızı ölçümüne sahip olabilir. Bu yüzden dengesiz bir tasarım kullanılmalıdır. Analizlerimi R kullanarak yapıyorum ve ez paket ANOVA'nın tekrarlanan ölçümlerini yapmak için ez paketini kullanıyorum. Fakat dengesiz verilerin nasıl analiz edileceğini bilmiyorum. Biri yardım edebilir mi?

Verilerin nasıl analiz edileceğine dair öneriler de memnuniyetle karşılanmaktadır.

Güncelleme:
Önerildiği gibi, lmerfonksiyonu kullanarak verileri taktım ve en iyi modelin:

heart.rate~ time + treatment + (1|id) + (0+time|id) + (0+treatment|time)

aşağıdaki sonuçla:

Random effects:
 Groups   Name        Variance   Std.Dev. Corr   
 id       time        0.00037139 0.019271        
 id       (Intercept) 9.77814104 3.127002        
 time     treat0      0.09981062 0.315928        
          treat1      1.82667634 1.351546 -0.504 
 Residual             2.70163305 1.643665        
Number of obs: 378, groups: subj, 60; time, 9

Fixed effects:
             Estimate Std. Error t value
(Intercept) 72.786396   0.649285  112.10
time         0.040714   0.005378    7.57
treat1       2.209312   1.040471    2.12

Correlation of Fixed Effects:
       (Intr) time  
time   -0.302       
treat1 -0.575 -0.121

Şimdi sonucu yorumlamada kayboldum. İki tedavinin kalp atış hızını etkilemede farklı olduğu sonucuna varmak konusunda haklı mıyım? Tedavi0 ve tedavi1 arasındaki -504 korelasyonu ne anlama gelir?


Cevabı güncellemeden önce tedavi tekrarlanan bir faktör mü? yani, her denek hem "a" tedavisi hem de "b" tedavisi alıyor mu yoksa bu denekler arasında bir faktör mü?
Matt Albrecht

Tedavi denekler arası bir faktördür. Her denek sadece 1 çeşit tedavi görür. İki tedaviyi 1 ve 0 olarak kodladım ve tedaviyi bir faktör değişkeni olarak ayarladım.
biostat_newbie

Yanıtlar:


15

Nlme / lme4 paketlerindeki lme / lmer fonksiyonları, dengesiz tasarımlarla başa çıkabilir. Zamanın sayısal bir değişken olduğundan emin olmalısınız. Muhtemelen farklı tür eğrileri de test etmek istersiniz. Kod şöyle görünecektir:

library(lme4)
#plot data with a plot per person including a regression line for each
xyplot(heart.rate ~ time|id, groups=treatment, type= c("p", "r"), data=heart)

#Mixed effects modelling
#variation in intercept by participant
lmera.1 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id), data=heart)
#variation in intercept and slope without correlation between the two
lmera.2 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1|id) + (0+time|id), data=heart)
#As lmera.1 but with correlation between slope and intercept
lmera.3 <- lmer(heart.rate ~ treatment * time + (1+time|id), data=heart)

#Determine which random effects structure fits the data best
anova(lmera.1, lmera.2, lmera.3)

İkinci dereceden modelleri almak için "heart.rate ~ treatment * time * I (time ^ 2) + (random effect)" formülünü kullanın.

Güncelleme:
Tedavinin denekler arasında bir faktör olduğu bu durumda, yukarıdaki model şartnamelerine bağlı kalacağım. Terimin (0 + tedavi | zaman) modele dahil olmasını istediğiniz bir şey olduğunu düşünmüyorum, bana göre bu örnekte zamanı rastgele etkiler gruplama değişkeni olarak görmek mantıklı değil.

Ancak " -0.504 arasındaki korelasyonun tedavi0 ve tedavi1 arasındaki anlamı nedir? " İd, gruplama faktörü ve tedavi bir denek içi değişken ise bu daha mantıklıdır. Sonra iki koşulun kesişmesi arasındaki korelasyonu tahmin edersiniz.

Model hakkında herhangi bir sonuç çıkarmadan önce, lmera.2 ile yeniden takın ve REML = F'yi ekleyin. Sonra "languageR" paketini yükleyin ve çalıştırın:

plmera.2<-pvals.fnc(lmera.2)
plmera.2

Sonra p-değerleri alabilirsiniz, ancak görünüşe göre, muhtemelen zamanın önemli bir etkisi ve tedavinin önemli bir etkisi vardır.


1
Bu modelleri oluştururken lmer'in REML argümanını FALSE olarak ayarlamalı mı, çünkü sonunda anova () işlevi kullanılarak karşılaştırılacaklar mı?
Mike Lawrence

7
Olasılık oranı testleri kullanan modelleri karşılaştırırken, REML (yukarıdaki gibi kısıtlı / kalan maksimum olasılık) kullanarak farklı rastgele efekt yapılarını karşılaştırabilirsiniz , ancak farklı sabit efekt modellerini karşılaştırmak için ML (maksimum olasılık) kullanmanız gerekir .
onestop

Kalp atış hızı ölçümleri ameliyat sırasında alınan numuneler olduğu için zaman rastgele bir etki olmamalı mı? Bu durumda, aşağıdaki uyum anlamlı olur (çünkü hala lmer fonksiyonunu okuyorum ve sözdizimini tam olarak anlamadım)? lmer (heart.rate ~ treatment + (1 | id) + (1 + zaman), veri = kalp)
biostat_newbie

1
Rastgele efektler tarafındaki '(zaman | id)' terimi, işleve her kişi için farklı (doğrusal) eğimler sığmasını söyler. Böylece hem sabit bir etki hem de rastgele bir etki olarak zamanınız olabilir, ancak bunlar farklı şeyler ifade eder. Douglas Bates'in kitabındaki uykulu örneğe bir göz atın: lme4.r-forge.r-project.org/book/Ch4.pdf
Matt Albrecht

2
Tekrarlanan ölçümler için tasarımların lmeriyi eskiden ziyade nasıl önerildiğini anlamıyorum lme. Bu tür tasarımlarda rastgele etkilerden geçti, ana gücü lmernadirdir, ancak çoğu zaman artıkların korelasyon yapısını modellemek istersiniz. Anladığım kadarıyla lmerbunu desteklemiyor ama destekliyor lme. Bu gibi durumlarda lmerdaha düşük bir araç olduğunu varsaymak yanlış mıyım lme?
AlefSin
Sitemizi kullandığınızda şunları okuyup anladığınızı kabul etmiş olursunuz: Çerez Politikası ve Gizlilik Politikası.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.