«r» etiketlenmiş sorular

GBM'yi kullanarak parametreleri test etmek için bazı yararlı kurallar (örneğin etkileşim derinliği, minchild, numune oranı, vb.) Nelerdir? Diyelim ki, 200.000 nüfuslu 70-100 özelliğe sahibim ve 3 ve 4'lük etkileşim derinliğini test etmeyi düşünüyorum. Açıkça, hangi parametrelerin kombinasyonunun en iyi örnek dışı kaldığını görmek için bazı testler yapmam gerekiyor. Bu test …

31 r  hypothesis-testing  cart  boosting 

Trevor Hastie ve Robert Tibshirani & Jerome Friedman'ın ElemStatLearn "İstatistiksel Öğrenmenin Öğeleri: Veri Madenciliği, Çıkarım ve Tahmin. İkinci Basım" kitabında açıklanan grafiği oluşturmak istiyorum. Arsa: Bu kesin grafiği nasıl üretebileceğimi merak ediyorum R, özellikle sınır grafiğini ve ızgara grafiklerini ve hesaplamalarını not edin.

31 r  data-visualization  k-nearest-neighbour 

Temel Bileşen Analizi'nin çıktısını yalnızca özet tablolardan daha fazla içgörü kazandıracak şekillerde görselleştirmek mümkün mü? Gözlem sayısı büyük olduğunda bunu yapmak mümkün mü, örneğin ~ 1e4? Ve bunu R [diğer ortamlar kabul edilir] 'de yapmak mümkün müdür?

31 r  data-visualization  pca  biplot 

BUGS ve R'nin farklı parametrelere sahip olduğu bazı dağıtımlar buldum: Normal, log-Normal ve Weibull. Bunların her biri için, R tarafından kullanılan ikinci parametrenin BUGS'de (veya benim durumumda JAGS) kullanılmadan önce ters dönüştürülmesinin (1 / parametre) olması gerektiğini biliyorum. Halen var olan bu dönüşümlerin kapsamlı bir listesini bilen var mı? Bulduğum …

31 r  distributions  bugs  jags  parameterization 

Bir karma efekt modeli kullanarak bazı verileri analiz etmeye çalışıyorum. Topladığım veriler zaman içinde farklı genotipteki bazı genç hayvanların ağırlığını temsil ediyor. Burada önerilen yaklaşımı kullanıyorum: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ Özellikle 2 numaralı çözümü kullanıyorum Bu yüzden benim gibi bir şey var require(nlme) model <- lme(weight ~ time * Genotype, random = ~1|Animal/time, …

31 r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures 

Bağlam: Tekrarlanabilir araştırma konusundaki daha önceki bir soruya cevaben Jake yazdı JASA arşivimizi oluştururken keşfettiğimiz bir sorun, CRAN paketlerinin sürümlerinin ve varsayılanlarının değişmesiydi. Dolayısıyla, bu arşivde kullandığımız paketlerin sürümlerini de ekliyoruz. Skeç tabanlı sistem muhtemelen millet paketlerini değiştirdikçe bozulur (Ekstra paketin içine ilave paketlerin nasıl ekleneceğinden emin değilsiniz). Sonunda, R'nin …

31 r  reproducible-research  project-management 

Değişkenlerin kümelerinin randomForestR'deki bir sınıflandırma modeline göre göreceli önemini belirlemek isterim . importanceİşlev, MeanDecreaseGiniher bir yordayıcı için metrik sağlar - bunu bir kümedeki her yordayıcı arasında toplamak kadar basit midir? Örneğin: # Assumes df has variables a1, a2, b1, b2, and outcome rf <- randomForest(outcome ~ ., data=df) importance(rf) # …

31 r  machine-learning  classification  random-forest 

Kement regresyon modelleri ve parametrelerin denklemin sadece kısmen girdiği diğer düzenli modeller için AIC veya BIC değerlerini hesaplamak mümkün mü. Kişi serbestlik derecelerini nasıl belirler? Paketdeki glmnet()fonksiyona kement regresyon modellerine uyması için R kullanıyorum glmnetve bir model için AIC ve BIC değerlerinin nasıl hesaplanacağını bilmek istiyorum. Bu şekilde, değerleri normalleştirme …

31 r  model-selection  lasso  aic  bic 

Milyonlarca puan varken R'nin araziler üretmesinin uzun zaman alabildiğini görüyorum - puanların ayrı ayrı çizilmesi şaşırtıcı değil. Ayrıca, bu tür araziler çoğu zaman fazla dağınıktır ve kullanışlı olması için yoğundur. Noktaların çoğu örtüşür ve siyah bir kütle oluşturur ve bu kütleye daha fazla nokta çizmek için çok zaman harcanır. Standart …

31 r  data-visualization 

Birisinin, quasibinomial dağılımın ne olduğu ve ne yaptığı hakkında sezgisel bir bakış açısı sağlayabileceğini umuyorum. Bu noktalara özellikle ilgi duyuyorum: Quasibinomial'in binom dağılımına ne kadar farklı olduğu. Yanıt değişkeni bir oran olduğunda (örnek değerler 0.23, 0.11, 0.78, 0.98'i içerir), R'de bir quasibinomial model çalışacaktır ancak binom bir model çalışmayacaktır. Bir …

30 r  generalized-linear-model  binomial  overdispersion  quasi-likelihood 

Biri beni bu iki işlev arasındaki mevcut farklılıklar hakkında aydınlatabilir mi diye merak ediyordum. Aşağıdaki soruyu buldum: Karma efekt modelleri için nlme veya lme4 R kütüphanesi nasıl seçilir? , ama bu birkaç yıl önceye dayanıyor. Bu yazılım çevrelerinde bir ömür boyu. Özel sorularım: lmeBununla lmerbaşa çıkamayan herhangi bir korelasyon yapısı …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

İki modlu bir dağılımın önemini "test etmek" için herhangi bir istatistiksel test olup olmadığını merak ediyorum. Demek istediğim, verilerim iki modlu dağılıma uyuyor mu değil mi? Eğer öyleyse, R programında herhangi bir test var mı?

30 r  hypothesis-testing  distributions  bimodal 

Umarım bu, burada benim için birisinin lmer( lme4 R paketinden) uygun olan karışık efektler modelindeki kareler toplamının ayrıştırılması niteliği ile ilgili cevap verebileceği bir sorudur . Öncelikle, bu yaklaşımı kullanma konusundaki tartışmaların farkında olduğumu söylemeliyim ve pratikte modelleri karşılaştırmak için önyüklemeli bir LRT kullanma ihtimalim daha fazla olacaktır (Faraway, 2006 …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Büyük bir veri kümem var ve boyutsallık azaltma yapmak istiyorum. Şimdi her yerde bunun için PCA kullanabileceğimi okudum. Bununla birlikte, PCA'yı hesapladıktan / uyguladıktan sonra ne yapacağımı hala anlamadım. R'de bu komutla kolayca yapılabilir princomp. Fakat PCA'yı hesapladıktan sonra ne yapmalı? İlk ana bileşeni kullanmak istediğime karar verirsem , veri …

30 r  pca 

Genel olarak R ve istatistikler konusunda çok yeniyim, ancak kendi yerel kapasitelerinin ötesinde olabileceğini düşündüğüm bir dağılım çizmem gerekiyor. Birkaç gözlem vektörüne sahibim ve onlarla bir dağılım grafiği oluşturmak istiyorum ve her bir çift üç kategoriden birine giriyor. Her kategoriyi renkli veya sembolle ayıran bir saçılma grafiği yapmak istiyorum. Bunun …

30 r  data-visualization  scatterplot