Hesaplamalı Bilim

GROMACS moleküler dinamiği (MD) kodunu çalıştırdım24 Intel Xeon CPU içeren düğümlerden oluşan bir Ubuntu Linux kümesinde . Özel ilgi alanım kayan nokta aritmetik hassasiyetine biraz duyarlı olduğu için, çift hassasiyetin daha yüksek hesaplama maliyetine rağmen GROMACS'ı tek hassasiyet yerine çift hassasiyetle çalıştırmak zorunda kaldım. Küme üzerinde, GROMACS'ı çift hassasiyetle derledim. …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Kendi çalışmalarımın çoğu algoritma ölçeğini daha iyi hale getirme etrafında dönüyor ve paralel ölçekleme ve / veya paralel verimliliği göstermenin tercih edilen yollarından biri, bir algoritma / kodun performansını çekirdek sayısı, örneğin ör. burada ekseni çekirdek sayısını ve eksenini bir miktar metrik temsil eder , örneğin birim zaman başına yapılan …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

Her iki matrisin CSC veya CSR formatında olduğu varsayılarak seyrek matris çarpma işlemi için sıfır olmayanların sayısını bulmak için hızlı ve etkili bir yöntem olup olmadığını merak ediyordum. Smmp paketinde biri olduğunu biliyorum ama zaten C veya C ++ uygulanan bir şeye ihtiyacım var. Herhangi bir yardım takdir edilecektir. Şimdiden …

17 matrix  sparse-matrix 

Bazı fonksiyon olduğunu varsayalım fff ve ben bulmak istiyorum xxx , öyle ki f(x)≈0f(x)≈0f(x)\approx 0 . Newton-Raphson yöntemini kullanabilirim. Ancak bu, türev fonksiyonunu bilmemi gerektirir f′(x)f′(x)f'(x). için analitik bir ifade fffmevcut olmayabilir. Örneğin, fff , deneysel değerlerin bir veritabanına danışan karmaşık bir bilgisayar kodu parçası ile tanımlanabilir. Ama bile f′f′f' …

17 reference-request  approximation 

Paralel bir azalma, karşılık gelen işlemin birleştirici olduğunu varsayar. Kayar nokta sayılarının eklenmesi nedeniyle bu varsayım ihlal edilmiştir. Bunu neden önemsediğimi sorabilirsiniz. Sonuçların daha az tekrarlanabilir olmasını sağlar. Ve bu tür tekrarlanamayan sonuçlar üreten altyordamları optimize etmek (veya parametreleri takmak) için simüle tavlama kullanıldığında daha da kötüleşir. Bu sorunla başa …

17 parallel-computing  reproducibility 

Geçen gün, hesaplamalı akışkanlar dinamiği eğitmenim yoktu ve doktora adayını onun yerine koymaya gönderdi. Verdiği derste, akışkan akış simülasyonları için çeşitli ayrıklaştırma şemalarıyla ilişkili çeşitli dezavantajları belirtiyor gibi görünüyordu: Sonlu Farklar Yöntemi: Korumayı tatmin etmek ve düzensiz geometrilere başvurmak zordur Sonlu Hacim Yöntemi: Kenarlara ve tek boyutlu fiziğe yönelme eğilimindedir. …

17 fluid-dynamics 

Minimum bulmak istiyorum sınırlı dışbükey olmayan bir 2-D işlevi var. Fonksiyon oldukça pürüzsüz. Bunu değerlendirmek maliyetlidir. Kabul edilebilir bir hata, her eksendeki işlevin etki alanının yaklaşık% 3'üdür. DIRECT algoritmasının uygulanmasını NLOPT kütüphanesinde çalıştırmayı denedim, ancak gerekli doğruluk için gerekli fonksiyon değerlendirme miktarı açısından kaba kuvvet arama üzerinde önemli bir gelişme …

17 optimization 

Bellek bant genişliği sınırlı hesaplamalar paylaşılan bellek ortamlarında (ör. OpenMP, Pthreads veya TBB aracılığıyla iş parçacığı) gerçekleştirildiğinde, belleğin fiziksel bellekte doğru bir şekilde dağıtılmasının nasıl sağlanacağına dair bir ikilem vardır; "yerel" bellek veri yolu. Arabirimler taşınabilir olmasa da, çoğu işletim sisteminin iş parçacığı benzeşimini ayarlama yolları vardır (örneğin pthread_setaffinity_np()birçok POSIX …

17 performance  memory-management  multicore 

C ++ dili, şablonlar aracılığıyla genel programlama ve meta programlama sağlar . Bu teknikler birçok büyük ölçekli bilimsel bilgi işlem paketine (ör. MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ) doğru yol almıştır. Ancak, genel geliştirme süresi ve eşit veya yeterli verimlilik için kullanılabilirlik açısından C veya Fortran gibi genel …

17 performance  c++  programming-paradigms 

İşleri her zaman elle hesaplıyorum, ama şimdi yoldaşlarım kötüye gidiyor ve sadece yukarıdaki ifade gibi şeyleri takmayı içeren çok sayıda tekrarlı egzersiz yapıyorlar. Bu tür denklemleri basitleştirmek için özellikle Python veya R gibi açık kaynaklı yazılımlarla ilgileniyorum. Ben Wolfram Alfa kullanmaya çalıştı ama başarısız oldu. Hangi açık kaynaklı yazılım paketleri …

17 education  symbolic-computation 

Sayısal yöntem literatüründe, birçok araştırma makalesi yeni bir algoritmik varyasyonun açıklamasından, yeni yöntemi bir veya iki mevcut yöntemle karşılaştıran birkaç test probleminden oluşmaktadır. Bu belirlemeyi zorlaştırır Yeni yöntemin ilgi konusu diğer sorunlarda nasıl performans göstereceği Yeni yöntemin mevcut diğer yöntemlerle nasıl karşılaştırılacağı Tabii ki, bu soruların her ikisi de yeni …

17 pde  testing 

OS X'in başlangıcına geri dönünce, en azından Mac dünyasında (o zaman bilimsel hesaplamalara yakın bir yerde değildim) Mac OS hakkında bilimsel bilgi işlem ve HPC uygulamaları için bir platform olarak büyük bir hubbub var gibiydi. XGrid kutudan çıktı, Virginia Tech süslü Mac tabanlı bilgi işlem kümesine sahipti, Stanford harika şeyler …

17 software  hpc 

Bazı özdeğerleri ve vektörleri hesaplamak için multigrid kullanmayı planlıyorum ve PETSc'nin multigrid için üst düzey desteğe sahip olduğunu fark ettim. PETSc belgeleri, PETSc'nin bu bölümünün yakında değiştirileceğinden kullanılmaması gerektiğini söylüyor. Diğer hangi kütüphaneler multigrid için üst düzey desteğe sahiptir ve PETSc yeni multigrid desteğini ne kadar sürede piyasaya sürecek?

17 petsc  libraries  multigrid 

Tezim, yanmada modelin azaltılması için sayısal yöntemler geliştirmektir. Metodlarımı sadece yanma simülasyonlarının kimya kısmında çalıştırıyorum ve 0-D simülasyonları için çok sayıda vaka çalışmam var (akış yok). İstediğim, içinde akış olan simülasyonları, tercihen 2-B veya 3-B simülasyonları çalıştırmaktır. Yüksek hesaplama gereksinimleri nedeniyle bu simülasyonların paralel olması gerekir. Ayrıca, kaynak koduna sahip …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Bilimsel algoritmalar geliştirmek, çoğunlukla deneysel tasarımımın bir parçası olarak veya ince ayar algoritması performansının bir parçası olarak değişmek isteyeceğim birçok parametreyi değiştirmeyi içeren oldukça yinelemeli bir süreçtir. Bu parametreleri, yinelemeler arasında kolayca değiştirebilmem ve kolayca yenilerini ekleyebilmem için yapılandırmak için hangi stratejileri alabilirim?

17 algorithms  testing  programming-paradigms