Hesaplamalı Bilim

Geçmişim genomikte, ancak son zamanlarda protein yapısı ile ilgili problemlerle çalışıyorum. C'de birkaç ilgili program yazdım, süreçte sıfırdan kendi PDB dosya ayrıştırıcımı oluşturdum. Gerçekten sağlam bir ayrıştırıcı yapma konusunda endişelenmedim, kendimi inşa etmenin kendimi PDB formatını gerçekten anlamaya zorlamanın en iyi yolu olacağını biliyordum. Şimdi bu süreçten geçtiğime göre, biraz …

17 computational-biology  pdb  c 

Çalışma grubumuz, bina enerji performansını simüle eden bir masaüstü uygulaması üretir. Bir .NET uygulamasıdır ve kullanıcı çok fazla simülasyon çalıştırdığında oldukça zaman alıcı olabilir. Simülasyonlar tamamen paralelleştirilebilir ve "ofiste" çok önemli HPC bilgi işlem kaynaklarımız var. Sahip olduğumuz bir fikir, kullanıcıların çok uzun süre çalışacağını bildiğimiz simülasyonları boşaltmasına izin vermektir …

17 hpc  partitioning 

Nitsche'nin yönteminin Dirichlet tipi sınır koşullarını hesaba katmasına veya Lagrange çarpanlarını kullanmadan sürtünme sınır koşullarıyla zayıf bir şekilde temas etmesine izin verdiğinden çok çekici bir yöntem olduğunu biliyorum. Ve bir Dirichlet sınır koşulunu, Neumann sınır koşuluna benzer şekilde zayıf terimlere dönüştürmek avantajı, uygulamanın modele bağlı olması gerçeğiyle ödenir. Ancak, benim …

17 finite-element  boundary-conditions  elliptic-pde  nitsche-method 

Yıllardır HDF5 kullanıyorum, ancak veri kümesinin boyutu büyüdükçe burada listelenen aynı sorunları yaşamaya başlıyorum http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Beni HDF5 gibi bir formata işaret edebilir misiniz - Paralel yazma için iyi destek - Büyük matrislerin yığınlanmış erişimi için destek Tipik kullanım durumum 100k x 100k tamsayı bir matristir. Mantıksal bir bakış açısıyla bütün …

17 data-storage 

Öğretim amaçları için, polinomlarla yaklaşık "zor" olan tek bir değişkenin sürekli bir fonksiyonuna ihtiyacım olacaktı, yani bir güç serisinde bu fonksiyona iyi uyum sağlamak için çok yüksek güçlere ihtiyaç duyacağım. Öğrencilerime kuvvet serisiyle elde edilebileceklerin “sınırlarını” göstermek niyetindeyim. "Gürültülü" bir şeyi uydurmayı düşündüm, ama kendimi yuvarlamak yerine, insanların yaklaşık olarak …

16 interpolation 

Sonlu Elemanlar Yöntemi hakkında bilgi edindim (diğer sayısal yöntemlerde de biraz) ama bu iki hatanın ve aralarındaki farkların tam olarak ne olduğunu bilmiyorum?

16 finite-element  numerical-analysis  error-estimation 

Doğrusal bir sistemi çözmek için bir matrisi ters çevirmenin iyi bir fikir olmadığının farkındayım, çünkü sistemi doğrudan çözmek veya LU, Cholesky veya QR ayrışımı kullanmak kadar doğru ve verimli değildir. Ancak, bunu pratik bir örnekle kontrol edemedim. Bu kodu denedim (MATLAB'da) M = 500; A = rand(M,M); A = real(expm(1i*(A+A.'))); …

16 matrix  accuracy  inverse 

Bu soru hesaplama ile ilgili olduğu için buraya göndermeye karar verdim. İnşallah uygun görülecektir. Atmosferik ve okyanus modellerini çalıştırmaya yeni başladım ve mevcut masaüstümden daha fazla çekirdek, bellek ve disk alanına ihtiyacım olduğunu fark ettim. Kurumum, araştırmacıların çekirdek başına ayda sabit bir fiyatla çekirdek kiralayabilecekleri yüksek performanslı bir bilgi işlem …

16 hpc 

Son zamanlarda scipy'den farklı lineer olmayan çözücüleri karşılaştırdım ve özellikle 20 kod satırında lineer olmayan reaksiyon terimi ile ikinci dereceden diferansiyel denklem denklemini çözdükleri Scipy Yemek Kitabı'ndaki Newton-Krylov örneğinden özellikle etkilendim . Formdaki yarı iletken heterostrüktürler için doğrusal olmayan Poisson denklemini ( Poisson-Boltzmann denklemi de denir, bu notlarda sayfa 17'ye …

16 python  nonlinear-equations  poisson  scipy 

Bilimsel hesaplamada test odaklı geliştirmenin büyük bir savunucusuyum. Pratikte faydası sadece şaşırtıcı ve kod geliştiricilerin bildiği klasik sorunları gerçekten hafifletiyor. Bununla birlikte, genel programlamada karşılaşılmayan bilimsel kodları test etmede doğal zorluklar vardır, bu nedenle TDD metinleri öğreticiler olarak çok yararlı değildir. Örneğin: Genel olarak, belirli bir karmaşık problem için a …

16 testing 

Sessizce çok fazla fikir edinilebilir, daha önce böyle bir şey görüp görmediğini merak ediyordum. Grafik, adveksiyon-difüzyon denklemi için başlangıç ​​koşulunu (yeşil), daha sonra iterasyon 200 (mavi) ve sonra tekrar iterasyon 400 (kırmızı) 'daki çözeltiyi gösterir. Adveksiyon-difüzyon denkleminin çözeltisi birkaç tekrardan sonra patlar. Péclet numarası ve CFL koşulu karşılanır, , bu …

16 numerical-analysis  advection-diffusion 

Bilimsel çalışmalarım için ticari yazılımlardan bağımsız olmak istiyorum. Matlab ve araç kutuları gibi ticari bir paketleri tatmin edici bulmuyorum, çünkü gelecekte Matlab'a erişip erişemeyeceğimi bilmiyorum ve dili sevmiyorum. Bu nedenle, alternatifler arıyorum. Neyse ki, Python'da oldukça akıcıyım (ve dili seviyorum) ve NumPy, SciPy, Matplotlib, Basemap ve NetCDF okuma ve yazma …

16 python  machine-learning 

MPI hakkında en sevmediğim şey veri tipleriyle (yani veri haritaları / maskeleri) uğraşmaktır, çünkü bunlar nesne yönelimli C ++ ile güzel uymuyor. boost::mpiancak web sitelerinden yalnızca MPI 1.1'i destekler: boost :: mpi, standart İleti Geçiş Arabirimi için C ++ dostu bir arabirimdir… Boost.MPI, Boost.Serialization kitaplığını kullanarak kullanıcı tanımlı türler için …

16 hpc  c++  mpi 

Hesaplama bilimini Wikipedia'da okudum, ancak anlayışım çok net değil. Hesaplamalı bilim programlamayı içerir mi? Hesaplama biliminin , işlenmemiş parçanın herhangi bir disiplin (malzeme bilimi, mühendislik, kimya, biyoloji, vb.) Olabileceği hesaplamalı _ ____ ' dan ne kadar farklıdır ? (Hesaplamalı malzeme bilimi yapacağım.)

16 computational-chemistry  education 

Yoğun matris hesaplamalarının programlanmasında, sütun-büyük yerleşimin üstünden bir satır-büyük yerleşim seçmek için herhangi bir neden var mı? Seçilen matrisin düzenine bağlı olarak, önbellek belleklerini hızlı bir şekilde etkili bir şekilde kullanmak için uygun kodu yazmamız gerektiğini biliyorum. Sıra ana düzeni daha doğal ve daha basit görünüyor (en azından benim için). …

16 matrix  fortran