Hesaplamalı Bilim

Amaç: MATL üstel-vektör ürünlerini MATLAB'den Python'a bir Krylov alt uzay yöntemi kullanarak hesaplayan bazı kodları taşımak isteyebileceğimi düşünüyorum. (Özellikle, bu makalede açıklanan bir algoritmayı kullanan Jitse Niesen'in expmvp işlevi .) Ancak derlenmiş kitaplıklardan türetilmiş modüllerden çok fazla işlev almadığım sürece (yani, yalnızca ham Python kullanıyorum ve çok fazla değil. işlevlerde), …

29 performance  python 

Son zamanlarda meta fenomenin bir formülasyonuyla karşılaştım : " iki kolay, üç zor " (bu şekilde Federico Poloni tarafından yazılmıştır): Belirli bir problem iki varlık için formüle edildiğinde, çözülmesi nispeten kolaydır; bununla birlikte, üç varlıklı bir formülasyon için bir algoritma, zorlukta büyük ölçüde artar, hatta çözümün elverişsiz veya ulaşılamaz olmasına …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Sorun Halen bir Sonlu Elemanlar Navier Stokes simülasyonu üzerinde çalışıyorum ve çeşitli parametrelerin etkilerini araştırmak istiyorum. Bazı parametreler bir giriş dosyasında veya komut satırı seçenekleriyle belirtilir; diğer parametreler Makefile'de bayraklar olarak sağlanmıştır, bu yüzden bu seçenekleri değiştirdiğimde kodum yeniden derlenmelidir. Parametre alanını sistematik olarak araştırmanın iyi bir yolu hakkında bir …

29 software  finite-element  python  c++ 

Fizik alanında lisans derecesi olan biri olarak moleküler simülasyonlarla çalışmaya başladığımda biraz skandal oldum. En detaylı ve hesaplamalı olarak pahalı olan simülasyonların bile, suyun ilk davranıştaki davranışını kantitatif olarak üretemediğini keşfetmek biraz şok oldu. Önceden, kuantum mekaniğinin temel yasalarının çözülmüş bir sorun olduğu izlenimindeydim (yerçekimi dışında, moleküler ölçekte önemsiz olduğu …

29 quantum-mechanics  simulation 

Eğer bir kare ters çevrilebilir matrisim varsa ve onun determinantını ve olduğunu tespit edersem , bu matrisin kötü şartlandırılmış olduğu anlamına mı gelir?det(A)≈0det(A)≈0\det(A) \approx 0 Konuşma da doğru mu? Hastalıklı bir matrisin neredeyse sıfır determinantı var mı? Octave'da denediğim bir şey var: a = rand(4,4); det(a) %0.008 cond(a)%125 a(:,4) = …

29 linear-algebra  condition-number 

MPI standardının 3.0 sürümü C ++ arayüzünü resmen silmiş (daha önce kullanımdan kaldırılmıştır). Uygulamalar hala destekleyebilirken, MPI-3'te yeni olan özellikler, MPI standardında tanımlanan bir C ++ arayüzüne sahip değildir. Daha fazla bilgi için http://blogs.cisco.com/performance/the-mpi-c-bindings-what-happened-and-why/ adresini ziyaret edin. C ++ arayüzünü MPI'dan kaldırma motivasyonu C arayüzüne göre önemli bir değere sahip …

28 c++  mpi 

İstatistiklerde ve çeşitli uygulamalarında, genellikle çeşitli kullanımlar için pozitif kesin (dikkate alınan durumlarda) ve simetrik olan kovaryans matrisini hesaplıyoruz . Bazen, çeşitli hesaplamalar için bu matrisin tersine ihtiyaç duyarız (örneğin, (sadece) merkez matrisiyle bu tersi ile ikinci dereceden formlar). Bu matrisin nitelikleri ve kullanım amaçları göz önüne alındığında, merak ediyorum: …

27 linear-algebra  matrix 

EDIT: Herhangi bir özdeğerin büyüklüğü bir veya daha fazla olup olmadığını test ediyorum. Büyük, seyrek, simetrik olmayan bir matrisin en büyük mutlak özdeğerini bulmam gerekiyor. eigen()Tüm özdeğerleri bulmak için EISPACK veya LAPACK'den QR algo kullanan R işlevini kullanıyorum ve sonra abs()mutlak değerleri elde etmek için kullanıyorum . Ancak, daha hızlı …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

Bilimsel hesaplamada paralelleştirme ile hızlanamayan ünlü problemler / algoritmalar var mı? CUDA ile ilgili kitap okurken çoğu şeyin olabileceği anlaşılıyor.

27 parallel-computing 

Bazı eski Fortran 77 kodlarını sarmak için f2py2e'yi biliyorum ve kullandım , ancak benim anladığım şey daha yeni Fortran 95 koduyla çalışmadığı. Ne kullanmam gerektiğini araştırdım ve hiçbiri şu andaki durumlarını veya nasıl kullanacaklarını (temel kullanım dışında) nasıl kullanacaklarını açıklamayan fwrap ve G3 f2py ile karşılaştım. Ayrıca f2py sürümünün üçüncü …

27 python  fortran 

Python's numpy kitaplığını kullanarak, satırlarının ve sütunlarının birçoğunun sırasını değiştirerek, yoğun bir kare geçiş matrisini yerinde değiştirmek istiyorum. Matematiksel olarak bu, matrisin permütasyon matrisi P ile önceden çarpılması ve P ^ -1 = P ^ T ile çarpılması ve sonradan hesaplanması açısından makul bir çözüm değildir. Şu anda elle satırları …

27 linear-algebra  python  numpy 

Üzerinde çalıştığım bir proje için C ++ linear cebir kütüphanelerini inceliyorum. Hala anlayamadığım bir şey, BLAS ve LAPACK'in diğer lineer cebir kütüphanelerine bağlantısı. İçinden bakıldığında lineer cebir kütüphaneleri bu yazıda ben o ilginç bulundu: bazı kütüphaneler BLAS ve LAPACK’tan bağımsızdır bazı BLAS ve LAPACK gerektirir bazılarında BLAS ve LAPACK için …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

Moleküler simülasyonlarda ele almamız gereken en önemli konulardan biri mesafeye bağlı kuvvetlerin hesaplanmasıdır. Biz ayırma mesafesi bile güçlere sahip kuvvet ve mesafe fonksiyonlarını kısıtlamak Eğer , o zaman biz sadece uzaktan karesini hesaplayabilir ve yaklaşık endişe gerekmez . Ancak tek güçler varsa, o zaman ile başa çıkmamız gerekir .rrrr2=r⋅rr2=r⋅rr^2 = …

26 efficiency 

3B puanları varsa, setlerin milyonlarca ile üçgenleştirilmesinin gerçekleştirilmesinde en hızlı kütüphane hangisidir? GPU sürümleri de var mı? Diğer taraftan, aynı nokta kümesinin voronoi mozaiklemesine sahip olmak, gecikmeli üçgenlemeyi almak için (performans açısından) yardımcı olur mu?

26 computational-geometry  delaunay-triangulation  voronoi-diagrams 

Bu soru, Matematiksel Yığın Değişim Borsası'ndan taşınmıştır , çünkü Hesaplamalı Bilim Yığın Değişimi alanında yanıtlanabilir. 6 yıl önce göç etmiş . Sayısal ODE çözücülerinin bir yazılım kütüphanesinde çalışmaya başlamak üzereyim ve çözücü uygulamaları için testlerin nasıl formüle edileceği ile mücadele ediyorum. Benim hırs kütüphane, sonuçta, hem nonstiff ve sert problemleri …

26 ode