«molecular-dynamics» etiketlenmiş sorular

Oktav'da iki vektörün Öklid mesafesini hesaplamanın hızlı bir yolu olup olmadığını bilmek istiyorum. Görünüşe göre bunun için özel bir fonksiyon yok, bu yüzden sadece formülü kullanmalı sqrtmıyım?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

GROMACS moleküler dinamiği (MD) kodunu çalıştırdım24 Intel Xeon CPU içeren düğümlerden oluşan bir Ubuntu Linux kümesinde . Özel ilgi alanım kayan nokta aritmetik hassasiyetine biraz duyarlı olduğu için, çift hassasiyetin daha yüksek hesaplama maliyetine rağmen GROMACS'ı tek hassasiyet yerine çift hassasiyetle çalıştırmak zorunda kaldım. Küme üzerinde, GROMACS'ı çift hassasiyetle derledim. …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Gromacs ve DL_POLY gibi çeşitli yazılım paketleri kullanarak moleküler dinamik (MD) simülasyonları kullanıyorum. Gromac'lar artık hem partikül ayrışma hem de alan ayrışma algoritmalarını desteklemektedir. Varsayılan olarak, Gromacs simülasyonları alan ayrışmasını kullanır, ancak uzun yıllar öncesine kadar Gromac'larda uygulanan tek yöntem parçacık ayrışmasıydı. Gromacs gazetelerinden birinde (DOI 10.1002 / jcc.20291), yazarlar …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Moleküler dinamik (MD) simülasyonlarında yeniyim. Moleküler dinamik simülasyonunun simülasyon süresi açısından karmaşıklığı nedir? Başka bir deyişle, simüle edilen süreyi 10 nanosaniyeden 20 nanosaniyeye çıkarmak istersem, çalışma süresindeki artış açısından ne bekleyebilirim?

14 molecular-dynamics  complexity 

Enerjinin teorik olarak korunması gereken bir sistemde, en doğru simülasyon enerjiyi koruyacaktır (doğru konumlar, hızlar vb. Verilecektir). RK4 birdirbirden daha doğrudur, ancak birdirbir enerji tasarrufu sağlar ve RK4 bunu yapmaz. Bu neden?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

Test amacıyla suyun moleküler dinamik simülasyonlarını kullanıyorum. Klasik MD çalıştıran bir kişiye sorarsanız kutu oldukça küçüktür ve bir DFT adama sorarsanız nispeten büyüktür: Periyodik sınır koşullarında 58 su molekülüm var. CPU zamanından tasarruf etmek için, ab initio MD'yi çalıştırmadan önce cep telefonumu klasik bir kuvvet alanı ile optimize ediyorum. Sistemi …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory