«microarray» etiketlenmiş sorular

Rastgele orman algoritmasını, iki grubun sağlam bir sınıflandırıcısı olarak, 1000'li özelliklere sahip bir mikro dizi çalışmasında kullanıyorum. Rastgele ormanı sunmanın en iyi yolu nedir, böylece bir makalede tekrarlanabilir kılmak için yeterli bilgi olacak? Az sayıda özellik varsa, aslında ağacı çizmek için R'de bir çizim yöntemi var mı? OOB hata oranı …

75 r  machine-learning  classification  random-forest  microarray 

Mikrodizilerin kullanıldığı gen ekspresyon çalışmalarında, yoğunluk verilerinin normalleştirilmesi gerekir, böylece şiddetler bireyler arasında, genler arasında karşılaştırılabilir. Kavramsal ve algoritmik olarak, "kantil normalleşme" nasıl çalışır ve bunu istatistikçi olmayan bir kişiye nasıl açıklarsınız?

15 genetics  normalization  microarray 

Umarım bu forumlardaki biri gen ekspresyon çalışmalarındaki bu temel problemde bana yardımcı olabilir. Deneysel ve kontrol dokusunun derin dizilimini yaptım. Daha sonra kontrol üzerindeki deney numunesinde genlerin kat zenginleştirme değerlerini elde ettim. Referans genomun ~ 15.000 geni vardır. İlgilenen numunemde 15.000 genin 3.000'i kontrole kıyasla belirli bir kesimin üzerinde zenginleştirildi. …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Not: önceki sorumun yasal nedenlerle silinmesi gerektiğinden, bu soru bir gönderidir. Fonksiyonlu SAS PROC MIXED karşılaştırarak birlikte lmegelen nlmeR paketin, bazı çok kafa farklılıklar tökezledi. Daha spesifik olarak, farklı testlerdeki özgürlük dereceleri ve arasında farklılık gösterir PROC MIXEDve lmenedenini merak ettim. Aşağıdaki veri kümesinden başlayın (R kodu aşağıda verilmiştir): ind: …

12 r  mixed-model  sas  degrees-of-freedom  pdf  unbiased-estimator  distance-functions  functional-data-analysis  hellinger  time-series  outliers  c++  relative-risk  absolute-risk  rare-events  regression  t-test  multiple-regression  survival  teaching  multiple-regression  regression  self-study  t-distribution  machine-learning  recommender-system  self-study  binomial  standard-deviation  data-visualization  r  predictive-models  pearson-r  spearman-rho  r  regression  modeling  r  categorical-data  data-visualization  ggplot2  many-categories  machine-learning  cross-validation  weka  microarray  variance  sampling  monte-carlo  regression  cross-validation  model-selection  feature-selection  elastic-net  distance-functions  information-theory  r  regression  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  dataset  data-mining 

Bu makaleden aşağıdaki greftler alınmıştır . Ben bootstrap için acemi ve R bootpaket ile doğrusal karışık model için parametrik, yarı parametrik ve parametrik olmayan bootstrapping bootstrapping uygulamaya çalışıyorum . R Kodu İşte benim Rkod: library(SASmixed) library(lme4) library(boot) fm1Cult <- lmer(drywt ~ Inoc + Cult + (1|Block) + (1|Cult), data=Cultivation) fixef(fm1Cult) …

9 r  mixed-model  bootstrap  central-limit-theorem  stable-distribution  time-series  hypothesis-testing  markov-process  r  correlation  categorical-data  association-measure  meta-analysis  r  anova  confidence-interval  lm  r  bayesian  multilevel-analysis  logit  regression  logistic  least-squares  eda  regression  notation  distributions  random-variable  expected-value  distributions  markov-process  hidden-markov-model  r  variance  group-differences  microarray  r  descriptive-statistics  machine-learning  references  r  regression  r  categorical-data  random-forest  data-transformation  data-visualization  interactive-visualization  binomial  beta-distribution  time-series  forecasting  logistic  arima  beta-regression  r  time-series  seasonality  large-data  unevenly-spaced-time-series  correlation  statistical-significance  normalization  population  group-differences  demography