«petsc» etiketlenmiş sorular

Çözülmesi gereken birkaç dışbükey olmayan küresel optimizasyon problemim var. Şu anda , oldukça etkili olan MATLAB's Optimizasyon Araç Kutusu'nu (özellikle, fmincon()algoritma = ile 'sqp') kullanıyorum . Ancak, kodumun çoğu Python'da ve optimizasyonu Python'da da yapmak isterim. Rekabet edebilecek Python bağlarına sahip bir NLP çözücü var mı fmincon()? O olmalı Doğrusal …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Dan preconditoned Krylov yöntemlerini kullanırken Ne yanlış gidebilir KSP ( PETSc seyrek lineer sistem çözülmelidir 'ın lineer çözücü paketi) bu tür diskretize ve kısmi diferansiyel denklemler doğrusallaştırılmasıyla elde edilenler gibi? Sorunumda neyin yanlış gittiğini belirlemek için hangi adımları atabilirim? Doğrusal sistemimi başarılı ve verimli bir şekilde çözmek için ne gibi …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Söyleyebileceğim kadarıyla, iki büyük jenerik ABD Enerji Bakanlığı hesaplamalı bilim yazılımı çerçevesi PETSc ve Trilinos'tur . İlk bakışta, dil farklılıklarının ötesinde benzer görünüyorlar (C'ye karşı C ++). İki çerçeve arasındaki temel farklar nelerdir ve birini seçmenin diğerine göre hangisini etkilemesi gerekir? (Kurumsal önyargıları ve mevcut altyapıyı görmezden gelin.)

24 petsc  software  trilinos 

Kullanıyorum PETSc 'in doğrusal olmayan çözücü paketi snes kısmi diferansiyel denklem kesikli ile elde edilen, doğrusal olmayan bir denklemler sistemini çözmek için. Çözücünün neden birbirine yakınlaşmadığını ve denklemlerimi başarılı bir şekilde çözmek için ne yapabilirim?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Oktav'da iki vektörün Öklid mesafesini hesaplamanın hızlı bir yolu olup olmadığını bilmek istiyorum. Görünüşe göre bunun için özel bir fonksiyon yok, bu yüzden sadece formülü kullanmalı sqrtmıyım?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Bazı özdeğerleri ve vektörleri hesaplamak için multigrid kullanmayı planlıyorum ve PETSc'nin multigrid için üst düzey desteğe sahip olduğunu fark ettim. PETSc belgeleri, PETSc'nin bu bölümünün yakında değiştirileceğinden kullanılmaması gerektiğini söylüyor. Diğer hangi kütüphaneler multigrid için üst düzey desteğe sahiptir ve PETSc yeni multigrid desteğini ne kadar sürede piyasaya sürecek?

17 petsc  libraries  multigrid 

Bir PETSc var Matve durum numarasını tahmin etmek istiyorum.

15 petsc  linear-algebra 

Gördüğüm her yerde, PETSc öğreticisi / belgeleri vb. Doğrusal cebir için yararlı olduğunu söyler ve genellikle seyrek sistemlerin fayda sağlayacağını belirtir. Yoğun matrisler ne olacak? Yoğun A için çözmekle ilgileniyorum .Ax=bAx=bAx=bAAA Fortran'da CG ve QMR için kendi kodumu yazdım. Temel yapı sözde kodunu ayrı rip ve BLAS rutinleri mümkün (eklemektir …

14 linear-algebra  petsc  blas 

PETSc ile oynuyordum ve programımı MPI üzerinden birden fazla işlemle çalıştırdığımda daha da yavaş çalıştığını fark ettim ! Neler olup bittiğini görmek için nasıl kontrol edebilirim?

14 linear-algebra  petsc 

Genellikle, seri kodu yazıyorum ve bunu yaptığımda bazı xUnit tarzı test çerçevesiyle (MATLAB xUnit, PyUnit / nose veya Google'ın C ++ test çerçevesi) birim testleri yazıyorum. Bir cursory Google aramasına dayanarak, uygulayıcıların MPI kullanan test kodunu nasıl kullandığını çok fazla görmedim. Bunun için en iyi uygulamalar var mı? Birim testi …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Soru: Sonlu elemanlar matrisinin seyreklik yapısını doğru ve verimli bir şekilde hesaplamak için hangi yöntemler mevcuttur? Bilgi: Ben Poisson Basınç Denklemi çözücü üzerinde çalışıyorum, Galerkin yöntemi kuadratik Lagrange temelli, C ile yazılmış ve seyrek matris depolama ve KSP rutinleri için PETSc kullanarak. PETSc'yi verimli bir şekilde kullanmak için, belleği global …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

Sistemim lagrange çarpanları (örn. Sıkıştırılamaz Stokes akışı) ile simetrik bir FE problemidir: ( ABBTC)(ABTBC)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} Burada tipik bir durumdur (denklemlerin Lagrange çarpanlarının en son görünmesini sağlayacak şekilde numaralandığından bile emin oldum). Sistem oldukça büyük (+ 100 bin satır).C= 0C=0C = 0 Bu sorunun cevabını okuduktan …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Birçok sağ tarafı (300 ila 1000) ile aynı seyrek doğrusal sistemi (300x300 ila 1000x1000) çözmem gerekiyor. Bu ilk soruna ek olarak, farklı sistemleri de çözmek istiyorum, ancak aynı sıfır olmayan elemanlarla (sadece farklı değerler), sabit seyreklik desenine sahip birçok seyrek sistem. Matrislerim belirsiz. Çarpanlara ayırma ve başlatma işlemlerinin performansı önemli …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Petsc4py vs c / c ++ / fortran ne kadar yavaş? Ben önemli ölçüde yürütülmekte olan koda bağlıdır, ama bir matris-vektör ürün gibi basit bir şey hakkında ne fark?

11 petsc  python 

Burada C'deki işlev işaretlerinin tipik bir kullanımı. Fortran'da benzer bir şey yapmak istiyorum. Bazı fikirlerim var, ama bunu yapmanın bazı kanonik yolları olup olmadığını bilmek istiyorum. Kullanıcı tarafından iletilen işlev işaretçileri ve bağlamları saklanır ve daha sonra çağrılır. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec res,TSIFunction f,void *ctx); Kullanıcının işlevi, daha …

11 petsc  fortran