Hesaplamalı Bilim

Bir PETSc var Matve durum numarasını tahmin etmek istiyorum.

15 petsc  linear-algebra 

Özellikle Gaussian 03 ile başlayan ama GAMESS-US ile devam eden B3LYP ile ilgili çalışmaları genişletmek istiyorum. Varsayılan B3LYP yöntemleri tarafından sağlanan enerjiler aynı değildir. Bu konuda GAMESS-US kılavuzunda bir tartışma var (Daha Fazla Bilgi bölümü): GAMESS içindeki B3LYP'nin kısmen VWN5 elektron gazı korelasyon işlevselliğine dayandığını unutmayın. VWN belgesinde yerel korelasyon …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

Yarı iletken simülasyonunda, denklemlerin normalleştirilmiş değerlere sahip olacak şekilde ölçeklendirilmesi yaygındır. Örneğin, aşırı durumlarda yarı iletkenlerdeki elektron yoğunluğu 18 büyüklük sırasına göre değişebilir ve elektrik alanı 6 (veya daha fazla) büyüklük sırasına göre düzgün bir şekilde değişebilir. Ancak, gazeteler bunu yapmak için hiçbir zaman gerçekten bir neden vermiyorlar. Şahsen gerçek …

15 pde  condition-number  scaling 

Hesaplamalı fizik bağlamında, büyük seyrek matrislerin özdeğer hesaplamaları gerçekleştirmek için bazı büyük kod geliştiriyorum. Özdeğerler analitik olarak iyi bilindiği için rutinlerimi basit harmonik osilatöre karşı bir boyutta test ediyorum. Bunu yaparak ve kendi rutinlerimi SciPy'nin dahili çözücüleriyle karşılaştırarak, aşağıdaki çizimde gösterilen garipliğe rastladım. Burada ilk 100 sayısal olarak hesaplanmış özdeğer …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Bazen kodu optimize ederken kodun belirli bölümlerini zamanlamak için gereklidir, ben yıllardır aşağıdakileri kullanıyorum ama bunu yapmak için daha basit / daha iyi bir yol olup olmadığını merak ediyordum? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call system_clock(count=clock_stop) ! Stop …

15 optimization  fortran  profiling 

Anekdotsal olarak duydum ki, kişi sayısal olarak formun bir integralini yapmaya çalışırken ∫∞0f( x ) J0( x )g x∫0∞f(x)J0(x)dx\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x ile (vs, örneğin yüksek titreşimli tekil olmayan kendi başına) düz ve iyi huylu, o zaman doğruluğu olarak yeniden için yardımcı olacaktırf( x )f(x)f(x) 1π∫π0∫∞0f( x ) cos( x günahθ …

15 quadrature  special-functions 

Bir veri kümesi x1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k} ve toplamı en aza indirecek şekilde parametresini bulmak istiyorum k ∑ i = 1 | m - x i | . yanimmm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

Counterpoise düzeltmesi tam olarak nedir? Ne zaman ve neden gerekli olduğunu açıklayabilir misiniz?

15 computational-chemistry  basis-set 

Her ikisi de yapılandırılmış ızgara biçiminde iki VTK dosyam olduğunu varsayalım. Yapısal ızgaralar aynıdır (aynı sırayla aynı nokta listesine sahiptirler) ve her VTK dosyasında "Phi" olarak adlandırılan bir alan vardır. Yine aynı yapılandırılmış ızgara ile üçüncü bir VTK dosyası oluşturmak ve ilk VTK dosyasındaki Phi ile ikinci VTK dosyasındaki Phi …

15 visualization  vtk 

5 Boyutlu nüfus dengesi modelini sayısal olarak çözmek için kodu paralelleştiriyorum. Şu anda FORTRAN'da çok iyi bir MPICH2 paralel kod var ama parametre değerlerini arttırdığımız gibi diziler dağıtılmış bellek modunda çalışmak için çok büyük hale geliyor. Her düğümün iki adet 8 çekirdekli CPU ve 128 GB RAM'e sahip olduğu 15 …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

İki birleşmiş PDE'nin bir sistemini iki uzamsal boyutta ve zamanda hesaplamalı olarak çözüyorum. Fonksiyon değerlendirmeleri pahalı olduğundan, çok aşamalı bir yöntem kullanmak istiyorum (Runge-Kutta 4-5 kullanılarak başlatıldı). Önceki beş işlev değerlendirmesini kullanan Adams-Bashforth yönteminde küresel bir hatası vardır (bu, aşağıda atıfta bulunulan Wikipedia makalesinde s = 5 olduğunda ) ve …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

Şu anda doktora tezimi yazıyorum. Doktora çalışmamın önemli bir bölümünü, daha önce kullanılmayan yazılım mühendisliği ile ilgili en iyi uygulamaları uygulayarak ve tezimde yazmak isteyen mevcut bilimsel kodları genişleterek harcadım. Sadece "Birim testleri ekledim" demek yerine, şöyle bir şey yazabilmek istiyorum: J. Doe 1975'te birim testleri icat etti [ 23 …

14 reference-request 

Rasgele kare matrisleri tersine çevirmek için iki yinelemeli yöntemi karşılaştırıyorum. Matrisler rasgele olduğundan, her test durumu hem farklı miktarlarda yineleme hem de farklı geçen süreleri alır. Benim sorum, ortalama CPU süresinin üstünde, her iki yöntem tarafından yöntemlerin karşılaştırılması için yararlı bilgiler tarafından alınan yinelemelerin ortalama değeridir.

14 performance  benchmarking 

Burada kimse Python aracılığıyla yeni nesil (örn. K20) GPU'larla çift duyarlıklı bilimsel hesaplama kullandı mı? Bu teknolojinin hızla geliştiğini biliyorum, ancak şu anda bunu yapmanın en iyi yolu nedir? GPU, popüler bilimsel Python kütüphaneleri için numpy ve scipy kapsamı dışında ve ben theano kullanmak istedim ama GPU için sadece float32 …

14 python  gpu  precision 

Çeşitli dış kuvvetler için Langevin denkleminin bazı simülasyonlarını yapıyorum. C olduğunu söylenmişti rand()dan stdlib.hbenim sonuçlarında önyargılara neden olabilir, bir Mersenne Twister kullanıyorum. Bununla birlikte, doğrusal bir uyumlu jeneratörün simülasyonumda tam olarak ne tür hataları ortaya çıkarabileceğini bilmek (ve görmek) istiyorum. Bunlar denediğim şeyler: Hiperplanları görmeye çalışmak için 3 boyutlu rastgele …

14 computational-physics