«sparse-matrix» etiketlenmiş sorular

Çözülmesi gereken birkaç dışbükey olmayan küresel optimizasyon problemim var. Şu anda , oldukça etkili olan MATLAB's Optimizasyon Araç Kutusu'nu (özellikle, fmincon()algoritma = ile 'sqp') kullanıyorum . Ancak, kodumun çoğu Python'da ve optimizasyonu Python'da da yapmak isterim. Rekabet edebilecek Python bağlarına sahip bir NLP çözücü var mı fmincon()? O olmalı Doğrusal …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Seyrek doğrusal sistemler uygulamalarda artan sıklık ile ortaya çıkıyor. Birinin bu sistemleri çözmek için seçebileceği çok fazla rutini var. En üst düzeyde, doğrudan (örneğin, seyrek Gauss ortadan kaldırılması veya Cholesky ayrışımı, özel sipariş algoritmaları ve çok yönlü yöntemler) ve yinelemeli (örneğin GMRES, (iki) eşlenik gradyan) yöntemleri arasında bir havza vardır. …

49 linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix 

EDIT: Herhangi bir özdeğerin büyüklüğü bir veya daha fazla olup olmadığını test ediyorum. Büyük, seyrek, simetrik olmayan bir matrisin en büyük mutlak özdeğerini bulmam gerekiyor. eigen()Tüm özdeğerleri bulmak için EISPACK veya LAPACK'den QR algo kullanan R işlevini kullanıyorum ve sonra abs()mutlak değerleri elde etmek için kullanıyorum . Ancak, daha hızlı …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

ve matrislerine sahibim . seyrek ve bir ile çok (birkaç milyon mertebesinde olabilir.), Büyük bir bir ile uzun matris oldukça küçük ( ) ve her sütunun kutunun sadece tek bir sahiptir geri kalan kısım ile girişi öyle ki 's, . çok büyük, bu yüzden tersine çevirmek gerçekten zor ve gibi …

22 linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  krylov-method 

Oktav'da iki vektörün Öklid mesafesini hesaplamanın hızlı bir yolu olup olmadığını bilmek istiyorum. Görünüşe göre bunun için özel bir fonksiyon yok, bu yüzden sadece formülü kullanmalı sqrtmıyım?

18 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Nesneye yönelik programlamayı en iyi şekilde kullanmayı kendime öğretmenin bir yolu olarak seyrek matris hesaplamaları için küçük bir kütüphane yazıyorum. Parçaların (seyrek matrisler ve bağlantı yapılarını tanımlayan grafikler) çok gevşek bir şekilde birleştiği güzel bir nesne modeline sahip olmak için çok çalıştım. Kendi görüşüme göre, kod bunun için çok daha …

17 linear-algebra  sparse-matrix  oop 

Her iki matrisin CSC veya CSR formatında olduğu varsayılarak seyrek matris çarpma işlemi için sıfır olmayanların sayısını bulmak için hızlı ve etkili bir yöntem olup olmadığını merak ediyordum. Smmp paketinde biri olduğunu biliyorum ama zaten C veya C ++ uygulanan bir şeye ihtiyacım var. Herhangi bir yardım takdir edilecektir. Şimdiden …

17 matrix  sparse-matrix 

2B Poisson denklemini sonlu farklarla çözmeye çalışıyorum. Bu süreçte, her denklemde sadece değişkenli seyrek bir matris elde ediyorum . Örneğin, değişkenler U olsaydı, o zaman ayrıklaştırma şöyle olur:555UUU Ui−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jUi−1,j+Ui+1,j−4Ui,j+Ui,j−1+Ui,j+1=fi,jU_{i-1,j} + U_{i+1,j} -4U_{i,j} + U_{i,j-1} + U_{i,j+1} = f_{i,j} Bu sistemi yinelemeli bir yöntemle çözebileceğimi biliyorum, ama değişkenleri uygun şekilde sipariş …

15 linear-algebra  pde  finite-difference  sparse-matrix  banded-matrix 

Hesaplamalı fizik bağlamında, büyük seyrek matrislerin özdeğer hesaplamaları gerçekleştirmek için bazı büyük kod geliştiriyorum. Özdeğerler analitik olarak iyi bilindiği için rutinlerimi basit harmonik osilatöre karşı bir boyutta test ediyorum. Bunu yaparak ve kendi rutinlerimi SciPy'nin dahili çözücüleriyle karşılaştırarak, aşağıdaki çizimde gösterilen garipliğe rastladım. Burada ilk 100 sayısal olarak hesaplanmış özdeğer …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Her biri yaklaşık n ~ 100000 düğümü olan iki grafiğim var. Her iki grafikte de, her bir düğüm tam olarak 3 düğüme bağlanır, böylece bitişiklik matrisi simetrik ve çok seyrek olur. Zor olan nokta, bitişiklik matrisinin tüm özdeğerlerine ihtiyacım var ama özvektörlere ihtiyacım yok. Doğru olmak için, bu benim hayatımda …

13 linear-algebra  sparse-matrix  eigenvalues  matrix 

Thomas algoritmasının algoritmik karmaşıklık açısından (LAPACK vb. Hem Thomas algoritmasının hem de multigrid'in karmaşıklığı olduğunu biliyorum , ama belki multigrid için sabit faktör daha az? Bana multigrid daha hızlı olabilir gibi görünmüyor ama ben olumlu değilim.O(n)O(n)O(n) Not: Matrislerin çok büyük olduğu durumu düşünüyorum. Doğrudan veya yinelemeli yöntemler kabul edilebilir.

13 linear-solver  sparse-matrix  complexity  multigrid 

Birçok sağ tarafı (300 ila 1000) ile aynı seyrek doğrusal sistemi (300x300 ila 1000x1000) çözmem gerekiyor. Bu ilk soruna ek olarak, farklı sistemleri de çözmek istiyorum, ancak aynı sıfır olmayan elemanlarla (sadece farklı değerler), sabit seyreklik desenine sahip birçok seyrek sistem. Matrislerim belirsiz. Çarpanlara ayırma ve başlatma işlemlerinin performansı önemli …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Lütfen Python paketini (petsc4py vb.) Ve desteklediği seyrek çözücüleri listeleyin. Paket başına bir (topluluk-wiki) yanıtı lütfen.

11 python  linear-solver  sparse-matrix 

Örneğin, kullandığım C ++ seyrek matris kütüphaneleri - Eigen ve SuiteSparse, seyrek matris için herhangi bir SVD işlevine sahip görünmüyorlar. Çok meraklı, seyrek matris için SVD QR / LU'dan daha mı zor?

10 linear-algebra  sparse-matrix  matrix  svd  eigen 

Bazı koşulsuz büyük seyrek doğrusal denklemler sistemi üzerinde çalışıyorum. Bunları çözmek için çift-çift aritmetik veya dört-çift aritmetik kullanmak istiyorum. Nakata, Maho tarafından geliştirilen ve dörtlü çift aritmetik altında sayısal lineer cebirsel hesaplamalar yapabilen MPACK adında bir paket olduğunu biliyorum. Bununla birlikte, seyrek matris için değil, yoğun matris için tasarlanmıştır. Dörtlü …

10 sparse-matrix  matrix  condition-number