«lme4-nlme» etiketlenmiş sorular

Sorum, hangi modelin iki yönlü tekrarlanan ANOVA ölçümlerine karşılık geldiğini gösteren bu yanıta dayanmaktadır lme4::lmer: require(lme4) set.seed(1234) d <- data.frame( y = rnorm(96), subject = factor(rep(1:12, 4)), a = factor(rep(1:2, each=24)), b = factor(rep(rep(1:2, each=12))), c = factor(rep(rep(1:2, each=48)))) # standard two-way repeated measures ANOVA: summary(aov(y~a*b+Error(subject/(a*b)), d[d$c == "1",])) # …

11 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Çok seviyeli bir regresyondan nasıl standart (sabit etkili) regresyon ağırlıkları elde edilebilir? Ve "eklenti" olarak: Bu standart ağırlıkları bir mer-object'ten ( paketin lmerişlevinden) almanın en kolay yolu nedir ?lme4R

11 r  multilevel-analysis  lme4-nlme  regression-coefficients  standardization 

mgcvİçin paket Rtensör ürün etkileşimleri uydurma için iki işlevi vardır: te()ve ti(). İkisi arasındaki temel işbölümünü anlıyorum (doğrusal olmayan bir etkileşime uymak ve bu etkileşimi ana etkilere ve etkileşime ayırmak). Anlamadığım şey neden te(x1, x2)ve ti(x1) + ti(x2) + ti(x1, x2)(biraz) farklı sonuçlar üretebilir. MWE (uyarlanmıştır ?ti): require(mgcv) test1 <- …

11 r  gam  mgcv  conditional-probability  mixed-model  references  bayesian  estimation  conditional-probability  machine-learning  optimization  gradient-descent  r  hypothesis-testing  wilcoxon-mann-whitney  time-series  bayesian  inference  change-point  time-series  anova  repeated-measures  statistical-significance  bayesian  contingency-tables  regression  prediction  quantiles  classification  auc  k-means  scikit-learn  regression  spatial  circular-statistics  t-test  effect-size  cohens-d  r  cross-validation  feature-selection  caret  machine-learning  modeling  python  optimization  frequentist  correlation  sample-size  normalization  group-differences  heteroscedasticity  independence  generalized-least-squares  lme4-nlme  references  mcmc  metropolis-hastings  optimization  r  logistic  feature-selection  separation  clustering  k-means  normal-distribution  gaussian-mixture  kullback-leibler  java  spark-mllib  data-visualization  categorical-data  barplot  hypothesis-testing  statistical-significance  chi-squared  type-i-and-ii-errors  pca  scikit-learn  conditional-expectation  statistical-significance  meta-analysis  intuition  r  time-series  multivariate-analysis  garch  machine-learning  classification  data-mining  missing-data  cart  regression  cross-validation  matrix-decomposition  categorical-data  repeated-measures  chi-squared  assumptions  contingency-tables  prediction  binary-data  trend  test-for-trend  matrix-inverse  anova  categorical-data  regression-coefficients  standard-error  r  distributions  exponential  interarrival-time  copula  log-likelihood  time-series  forecasting  prediction-interval  mean  standard-error  meta-analysis  meta-regression  network-meta-analysis  systematic-review  normal-distribution  multiple-regression  generalized-linear-model  poisson-distribution  poisson-regression  r  sas  cohens-kappa 

Kurutmanın tortu mikrobiyal aktiviteleri üzerindeki etkisini değerlendirmek için bir veri seti üzerinde çalışıyorum. Amaç, kurutmanın etkisinin tortu türleri ve / veya tortu içindeki derinlik arasında değişip değişmediğini belirlemektir. Deneysel tasarım aşağıdaki gibidir: İlk faktör Sediment üç tip tortuya karşılık gelir (kodlu Sed1, Sed2, Sed3). Her bir Sediment tipi için örnekleme …

11 mixed-model  interaction  post-hoc  lme4-nlme 

Birisinin nispeten basit bir soru olduğunu düşündüğüm şeylere yardımcı olabileceğini umuyorum ve bence cevabı biliyorum ama onaylamadan emin olamayacağım bir şey haline geldi. Yanıt değişkeni olarak bazı sayım verileri var ve bu değişken bir şeyin orantılı varlığı ile nasıl değiştiğini ölçmek istiyorum. Daha ayrıntılı olarak, yanıt değişkeni, bir dizi alanda …

11 r  binomial  proportion  glmm  lme4-nlme 

Her ikisi ile lmve lmertekrarlanan önlemler (2x2x2) arasında birkaç etkileşim testi çoğaltmak çalışıyorum . Her iki yöntemi de karşılaştırmak istememin nedeni, tekrarlanan ölçümler için SPSS'nin GLM'sinin lmburada sunulan yaklaşımla tam olarak aynı sonuçları vermesidir , bu nedenle sonunda SPSS ile R-lmer'i karşılaştırmak istiyorum. Şimdiye kadar, bu etkileşimlerin sadece bir kısmını …

10 anova  mixed-model  lme4-nlme  repeated-measures  lm 

Elle doğrusal bir doğrusal modelden rastgele etki tahminlerini hesaplamaya çalışıyorum ve Genelleştirilmiş Katkı Modellerinde Wood tarafından sağlanan gösterimi kullanarak : R ile bir giriş (pg 294 / pg 307 of pdf), her parametrenin ne olduğu konusunda kafam karışıyor temsil eder. Aşağıda Wood'un bir özeti bulunmaktadır. Doğrusal karışık bir model tanımlama …

10 mixed-model  lme4-nlme 

Bir meslektaşı olarak bu yazı , ben bağıntılı Savunma ve yamaçları kendilerini kredi, sürekli değişkenler ile veri simüle üzerinde çalıştı. Bu konuda sitede ve site dışında harika yayınlar olmasına rağmen , basit, gerçek bir yaşam senaryosuna paralel simüle edilmiş verilerle baştan sona bir örnekle karşılaşmakta zorlandım. Soru şu: Bu verilerin …

10 regression  mixed-model  lme4-nlme 

In lmeriçindeki işlevi lme4de Rrastgele etkileri modeli matris oluşturmak için bir çağrı var olarak açıklanabilir, burada , sayfalar 7-9.ZZZ hesaplanması ve üzere iki matrisin KhatriRao ve / veya Kronecker ürünlerini gerektirir . J i X iZZZJbenJbenJ_iXbenXbenX_i matrisi bir ağız : "Gruplama faktörü indekslerinin gösterge matrisi", ancak daha yüksek hiyerarşik seviyelere …

10 r  mixed-model  lme4-nlme  matrix 

R( lme4Paket) içindeki doğrusal karma efektler modelinde post-hoc testler yapıyorum . Post-hoc testleri yapmak için multcomppackage ( glht()function) kullanıyorum . Deneysel tasarımım rastgele blok etkisi ile tekrarlanan ölçümlerdir. Modeller şöyle belirtilir: mymod <- lmer(variable ~ treatment * time + (1|block), data = mydata, REML = TRUE) Verilerimi buraya iliştirmek yerine …

10 mixed-model  post-hoc  lsmeans  lme4-nlme 

Üç değişken göz önüne alındığında yve xsürekli pozitif olan ve zkategorik olan iki aday modelim var: fit.me <- lmer( y ~ 1 + x + ( 1 + x | factor(z) ) ) ve fit.fe <- lm( y ~ 1 + x ) Hangi modelin daha uygun olduğunu belirlemek için …

10 r  hypothesis-testing  mixed-model  lme4-nlme 

Katılımcılar ( ) ve öğeler ( ) için çapraz rastgele efektlerle m_plotdonatılmış aşağıdaki modele sahibim :lme4::lmerlfdncontent Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. Corr lfdn (Intercept) 172.173 13.121 role1 62.351 7.896 0.03 inference1 24.640 4.964 0.08 -0.30 inference2 52.366 7.236 -0.05 0.17 -0.83 inference3 21.295 4.615 -0.03 0.22 0.86 -0.77 content …

10 mixed-model  lme4-nlme  intraclass-correlation 

Formula ihtiyaçları (kullanarak düzeyli modeli eğitim için belirtmek lmergelen lme4 Rkütüphanede) her zaman beni alır. Ben sayısız ders kitabı ve öğretici okudum, ama asla düzgün anlamadı. İşte bu öğreticiden bir denklemle formüle edilmiş görmek istediğim bir örnek . Ses frekansını cinsiyetin (dişilerin genel olarak erkeklerden daha yüksek perdeli sesi vardır) …

10 r  multilevel-analysis  lme4-nlme 

R'deki bir reaksiyon süresi deneyinin sonuçlarını analiz ediyorum. Tekrarlanan ölçümler ANOVA (2 seviyeli 1 denek içi faktör ve 2 seviyeli 1 denek arası faktör) çalıştırdım. Benzer bir doğrusal karma model çalıştırdım ve lmer sonuçlarını ANOVA tablosu kullanarak özetlemek istedim lmerTest::anova. Beni yanlış anlamayın: Aynı sonuçları beklemiyordum, ancak lmerTest::anovasonuçlardaki özgürlük derecelerinden …

10 anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

Basit bir örnek uğruna iki doğrusal regresyon modeli olduğunu varsayalım. Model 1 sahiptir üç belirleyicileri x1a, x2bvex2c Model 2, model 1'den üç öngörücüye ve iki ek öngörücüye sahiptir x2avex2b Kitle varyansı olduğu açıklanmıştır nüfus regresyon denklemi vardır Model 1 için ve Model 2 için artan varyans nüfus içinde Model 2 …

10 regression  confidence-interval  estimation  r-squared  shrinkage  anova  t-test  references  tukey-hsd  machine-learning  boosting  r  clustering  fishers-exact  generalized-linear-model  model  probit  link-function  r  survival  probability  distributions  dice  logistic  lme4-nlme  glmm  meta-analysis  distributions  distributions  factor-analysis  r  anova  repeated-measures  post-hoc